区别主要在于：
　　1、调整对象不同：反不正当竞争法调整的是经营者从事不正当竞争活动而引起的社会关系，其所规制的对象是狭义上的不正当竞争行为。而反垄断法调整则是经营者以及行政机关和法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织所从事的垄断行为、限制竞争行为等反竞争行为过程中所形成的社会关系，其约束的是经营者以及行政机关和法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织的垄断行为和限制竞争行为。

　　2、价值理念不同：反不正当竞争法主要是反对经营者出于竞争的目的，违反市场交易中的诚实信用原则和公认的商业道德，通过不正当的手段攫取他人竞争优势的行为，其通过制止不正当竞争行为，以避免善意的经营者和消费者受到损害，从而达到维护公平竞争的市场秩序的目的。从这个意义上说，反不正当竞争法所追求的价值理念是公平竞争。反垄断法则是从维护市场的有效竞争出发，通过规制垄断和限制竞争行为，防止少数经营控制或操纵市场，从而保证市场上有足够的竞争者，保障经营者能够开展自由、有效的竞争。所以，反垄断法所追求的价值理念是自由竞争，保障经营者能自由参与市场竞争。
　　3、保护对象不同：虽然反不正当竞争法和反垄断法的立法宗旨都关涉保护经营者、消费者的合法权益和维护社会公共利益，但二者所保护的对象有所差别：反不正当竞争法侧重于保护受不正当竞争行为侵害的当事人，一般表现为特定的经营者;而反垄断法侧重于保护自由、公平的竞争机制和市场秩序，其所保护的是竞争而非竞争者。
　　4、法律属性不同：在许多国家，不正当竞争行为被视作侵权行为，侵害的往往是特定的受害人的利益，相应地，反不正当竞争法被认为是民法的特别法，具有私法的性质。对不正当竞争行为的规制，虽然也体现了对社会公共利益的维护，但更多的则是体现为对个体利益的保护。而垄断行为和限制竞争行为危害的首先是社会公共利益，所以，反垄断法尽管不排除对受害人的个人利益的救济，但更主要的却是以维护社会公共利益为己任，具有浓厚的公法色彩。